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Die Marktgemeinde Ruprechtshofen liegt in der breiten und fruchtbaren Ebene des Zusammenflusses von Melk und Mank. Funde in Nachbargemeinden deuten darauf hin, dass dieses Gebiet schon in der Jungsteinzeit besiedelt war.
Ruprechtshofen entstand sehr früh als Marktort bei der alten Pfarrkirche. Die erste Nennung erfolgt durch WALTER vonRUOPREHTISHOUEN um 1140. Die Gegend um Ruprechtshofen gehörte damals zum großen Herrschaftsgebiet der Grafschaft Peilstein. Nach dem Aussterben der Peilsteiner um 1218 ging die Gegend in den Besitz der Landesherren über.
Im Hoch- und Spätmittelalter wurden in der Gemeinde Ruprechtshofen neben Wehranlagen, Ansitzen und Frühburgen, Herrschaft und Schloss Grabenegg, Herrschaft und Wasserschloss Zwerbach und Herrschaft und Rittersitz Zinsenhof errichtet. 1828 erwarb Kaiser Franz I. die Güter Grabenegg, Zwerbach und Zinsenhof für den Patrimonialfond der kaiserlichen Familie. Nach der Auflösung der Monarchie ging dieser Besitz auf die Republik Österreich über.